Свои разъяснения по этому вопросу дал Минфин России.

Согласно определенному налоговым законодательством порядку восстановления сумм НДС, принятых налогоплательщиком к вычету по объектам основных средств, относящимся к объектам недвижимости, делать это необходимо в случае дальнейшего использования объектов недвижимости для осуществления операций, не облагаемых налогом. Исключение составляют полностью самортизированные основные средства, а также те, с момента ввода которых в эксплуатацию у налогоплательщика прошло не менее 15 лет (п. 3 ст. 171.1 НК РФ).

Такой восстановленный налог должен отражаться в налоговой декларации за последний налоговый период каждого календарного года из десяти лет начиная с года, в котором объект был введен в эксплуатацию. При модернизации или реконструкции объекта, приводящей к изменению их первоначальной стоимости, суммы НДС по строительно-монтажным работам, принятые к вычету, восстанавливаются, если основные средства в дальнейшем будут использоваться для осуществления операций, в которых суммы налога учитываются в стоимости товаров (работ, услуг). В этом случае налогоплательщик должен отражать восстановленную сумму НДС по окончании каждого календарного года в течение десяти лет начиная с года, в котором начисляется амортизация с измененной первоначальной стоимости объекта основных средств.

Поэтому, как указывает Минфин России, если на дату перехода налогоплательщика на УСН им эксплуатируется объект недвижимости, в отношении которого проведена реконструкция, и с года, в котором производится начисление амортизации с измененной первоначальной стоимости этого объекта основных средств, прошло более десяти лет, то налогоплательщик не должен восстанавливать суммы НДС, принятые к вычету по такому объекту (письмо Департамента налоговой политики Минфина России от 20 декабря 2023 г. № 03-07-11/123513).

Источник