С 2025 года для некоторых налогоплательщиков, применяющих УСН, вводится обязанность по исчислению и уплате НДС (ст. 171, 172 НК РФ). Это касается только тех, чьи доходы превысят 60 млн руб. По мнению Минфина России, тех предпринимателей, которых затронут поправки, будет немного, примерно 3 % (информация Минфина России от 10 июля 2024 года). Все остальные организации и ИП, в том числе реализующие подакцизную продукцию, вновь созданные или участники проектов по исследовательской и научно-технологической деятельности уплачивать НДС не будут.
При этом стоит учесть, что освобождение от НДС устанавливается не «по умолчанию». Для подтверждения права на него организация или ИП должна будет предоставить в налоговую инспекцию соответствующее уведомление и подтверждающие документы. К ним, в частности, относятся выписки из бухгалтерского баланса, книги продаж, книги учета доходов и расходов и хозяйственных операций (п. 6 ст. 145 НК РФ).
Те же, кто превысил вышеуказанный порог, смогут выбрать один из двух вариантов уплаты НДС.
Вариант 1. Налог уплачивается по общеустановленным правилам по ставке 20 % (для отдельных категорий товаров, работ, услуг — 10 % или 0 %). При этом налогоплательщик также имеет право на все определенные налоговым законодательством вычеты. 
Вариант 2. Ставка НДС будет зависеть от размера годового дохода. Так, при доходе от 60 до 250 млн руб. налог будет уплачиваться по ставке 5 %, а для доходов от 60 до 250 млн руб. — 7 %. Но в этом случае налогоплательщик не будет иметь право на применение налоговых вычетов по НДС. Входящий НДС будет включаться в состав расходов (при условии выбора УСН с объектом «доходы минус расходы»). Как поясняет министерство, этот «упрощенный» НДС будет фактически налогом с оборота. Обычные плательщики НДС не смогут принимать его к вычету.

Источник