КЭП выдаются в территориальных налоговых органах. Услуга предоставляется бесплатно. 
За получением квалифицированного сертификата в удостоверяющий центр ФНС России могут обратиться: 

• юридическое лицо (лицо, имеющее право действовать без доверенности); 
• индивидуальный предприниматель; 
• нотариус. 

Для получения квалифицированного сертификата в удостоверяющем центре ФНС России необходимо иметь: 

• документ, удостоверяющий личность; 
• СНИЛС; 
• USB-носитель ключевой информации (токен) для записи квалифицированного сертификата и ключа электронной подписи, сертифицированный ФСТЭК России или ФСБ России. 

Приобрести носитель ключевой информации можно у дистрибьюторов производителей и в специализированных интернет-магазинах. Можно использовать имеющиеся носители ключевой информации при наличии действующего сертификата соответствия ФСТЭК России или ФСБ России на этот носитель. 
Подготовить и направить заявление на выпуск квалифицированного сертификата также можно через Личный кабинет налогоплательщика — физического лица (Жизненные ситуации — Нужна квалифицированная электронная подпись).

Информация ФНС России «С 1 июля квалифицированную электронную подпись для ЮЛ/ИП можно получить в ФНС России»

Источник: http://www.consultant.ru/