Налогоплательщик вправе зарегистрировать несколько раз один и тот же счет-фактуру по товарам (работам, услугам). Принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов, нормам главы 21 НК РФ не противоречит (письмо Минфина России от 09.04.2015 № 03-07-11/20293).

Что касается счетов-фактур по оборудованию к установке, основным средствам и нематериальным активам, то они согласно правилам главы 21 НК РФ регистрируются в полном объеме (пункты 2, 4 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ).