В соответствии с п. 6.2 ст. 210 НК РФ налоговая база по НДФЛ, в отношении которой применяется налоговая ставка, предусмотренная п. 1.2 ст. 224 НК РФ, определяется по доходам в виде оплаты труда (денежного довольствия, денежного содержания), получаемых лицами, работающими (служащими) в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях, других местностях (районах) с неблагоприятными (особыми) климатическими или экологическими условиями, в части, относящейся к установленным районным коэффициентам к зарплате (довольствию, содержанию) и процентным надбавкам к заработной плате (довольствию, содержанию) за работу (службу) в данных районах или местностях.
Согласно п. 1.2 ст. 224 НК РФ налоговая ставка по НДФЛ составляет 13 % — если сумма НБ, указанных в пунктах 6.1 и 6.2 ст. 210 НК РФ, за налоговый период составляет не более 5 млн рублей; и 650 тысяч рублей плюс 15 % с суммы свыше 5 млн руб. — если сумма этих НБ за налоговый период составляет более 5 млн рублей.
В соответствии со ст. 139 ТК РФ и п. 2 Положения об особенностях порядка исчисления средней заработной платы для расчета среднего заработка учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя, независимо от источников этих выплат. К ним, в частности, относятся выплаты, обусловленные районным регулированием оплаты труда (в виде коэффициентов и процентных надбавок к заработной плате).
Следовательно, часть выплаты (например, оплата отпуска), рассчитанная исходя из средней зарплаты, относящейся к установленным суммам районных коэффициентов и надбавок, выплачиваемых в связи с работой в районах Крайнего Севера (и т.п. местностях), относится к налоговой базе, указанной в п. 6.2 ст. 210 НК РФ, в отношении которой применяется налоговая ставка, предусмотренная п. 1.2 ст. 224 НК РФ (письмо ФНС России от 28 января 2025 г. № БС-4-11/739@).

Источник