Если в счет-фактуру требуется внести дополнительные строки и графы, то располагать их следует после полей для подписей руководителя, главного бухгалтера, ИП. Форма документа при этом сохраняется. Такое мнение Минфин уже высказывал.

Документ: письмо Минфина России от 26.02.2016 № 03-07-09/10933

Источник: "КонсультантПлюс"