Работник работает в организации по основному договору и по внутреннему совместительству. Одновременно с ежегодным отпуском по основной должности ему был предоставлен авансом отпуск по совместительству. При увольнении с должности по совместительству суммы окончательного расчета не хватает для удержания излишне выплаченных отпускных. Можно ли удержать эту сумму из суммы дохода по основной должности или только из дохода по совместительству?

Нельзя. Удержания по основному месту работы и на работе по совместительству должны производиться раздельно.

Согласно абз. 5 ч. 2 ст. 137 ТК РФ удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 ТК РФ.